Le régime de l’apartheid a été démantelé en 1994 avec l’arrivée au pouvoir de Nelson Mandela, ce qui a permis d’atténuer les inégalités raciales dans le pays et d’engager des politiques de rééquilibrage. Malgré la mise en place de politiques d’autonomisation (black economic empowerment) ou de politiques de développement ciblées (National Development Plan), le pays reste marqué par d’importantes inégalités entre populations noires et blanches ainsi que par des faiblesses structurelles, en large partie héritées de l’apartheid.
Les priorités fixées par le gouvernement sud-africain en matière de santé publique concernent la mise en œuvre d’un système d’assurance sanitaire nationale, la réduction des coûts relatifs aux prix des soins délivrés par le secteur médical privé, l’amélioration de la qualité du système sanitaire ainsi que l’augmentation des capacités en termes de ressources humaines. Pour répondre à ces priorités, le pays a développé un plan ambitieux pour mettre à l’échelle la lutte contre la TB/VIH à travers un Plan Stratégique National qui vise à réduire de 50 % les nouvelles infections. Dans ce cadre, la gratuité des traitements antirétroviraux et l’atteinte de la couverture universelle sont des piliers de la politique gouvernementale menée en matière de santé.
Malgré les efforts du gouvernement en termes d’augmentation des financements et de programmation, l’Afrique du Sud fait face à d’importants défis. Le pays connaît une situation particulière : fortement touché par les épidémies de VIH et de tuberculose, il figure pourtant parmi la liste des pays à revenus intermédiaires. Cette situation entraîne le retrait progressif des principaux bailleurs sur le territoire, et notamment du Fonds mondial. En 2016, le secteur de la santé était financé à 54 % par des fonds domestiques et à 36 % par des assurances de santé volontaires.
Les dépenses totales de santé (publiques et privées) en Afrique du Sud s’élevaient à 29,5 milliards de dollars en 2018, soit environ 8,4 % du PIB, ce qui est loin des 15 % convenus par les chefs d’État africains lors du Sommet d’Abuja en 2001. Le secteur public de santé est encore insuffisamment financé, mais saturé, fournissant des soins à 80 % de la population alors qu’il ne bénéficie que de 48,4 % des dépenses totales en santé en 2013.